遗传与复发性口疮的关系十分密切。复发性口疮的发病有明显的家族遗传倾向。一般父母一方或双方患有复发性口疮，那么他们的子女则比一般人更容易患此病。随着科学的发展，人们还发现了复发性口疮同人类的ｃ抗原有某些关系，从而表明了复发性口疮发病的遗传基础。